哈尼族普遍信仰以万物有灵为核心的原始宗教。自然崇拜，图腾崇拜、祖先崇拜、灵魂观念构成信仰的主要内容。生活中的各种禁忌、占卜、祭祀、巫术等为原始宗教活动的主要表现。还有部分哈尼族信仰基督教。
　　一、原始宗教信仰
　　 (一）自然崇拜
　　崇拜日月星辰、风雨雷电、山林水火及有关动植物等。认为天有天神，地有地神，日月星辰、山川河流等万物均有神。如“弥塔直摩”是天上的最高神，“阿匹梭摩”是人间最高神；“圣猫自”是主管村寨的最高神。
　　围绕着对各种自然神灵的崇拜而进行的主要祭祀活动有：大年初一祭天地，祭寨神“决司”、“罗司”；二月第一个属牛日祭龙树；六月六祭青；八月十五祭月亮；十月“米索扎”祭大地；平日出猎祭山神、猎神；家有病灾有的还去祭树神，岩神、河神等。还相信有专门给人带来灾难和病痛的恶神邪鬼。如“彩虹鬼”、“火鬼”、“水鬼”等。对恶神恶鬼，有的献祭讨好，有的请摩帕驱赶。
　　（二）图腾宗拜
　　历史上，哈尼族同彝族一样，实行父子连名制。每个宗族均有自己崇拜的图腾物。传说中卡多先祖居住的“摩米”地方，居住着十二个姓氏，每个姓氏的名称都以某种图腾物的名称命名。如：今天的刘、徐、张、段、梅、罗、王、田、陶、彭、马、白十二姓的图腾物名称分别为：“尼帕”、“婆斜”、“默么”、“车么”、“莫把”、“莫玉”、“咯么”、“牛么”、“坡淘”、“普么”、“咋啦”、“咋德”。在长期的历史发展中，因居住条件及家族成员的分散，又出现了各自不同的亚图腾。彭姓有“建见普么”〔一种麻雀常栖息的藤）、“勒勒普么”（瓜藤）、“别劳普么”（芋头）三种。至今，哈尼族还把自己家族的图腾物视为神圣之物崇敬。因此，卡多人不论走到哪里，只要同姓人相遇，均要相互寻间各自家族的图腾物，以此寻宗结戚。如遇婚丧等事，图 腾相同的家族都要相互宴请，互帮互助，追溯宗族源流。
　　（三）祖先条拜
　　哈尼族有祖先崇拜，家中均设有祖宗灵牌，称“泻阶”，由一块木板制成，多设于靠后山墙的左方边柱旁，有的设于正堂后山墙处。死于非命者的灵牌则设于大门上方的屋檐下。居住在复兴的哈尼族设于火塘边的墙壁上。逢节庆，要以酒饭献祭宗祖灵牌。有病有灾，常祈求宗祖神灵保佑。清明节，要到祖坟前献祭。
　　在哈尼族的观念中认为，万物均有灵魂，而人的灵魂最多，一人有十二魂，生魂离体必致病灾；男死有九魂，女死有七鬼；人死变牛马、山水等物，鬼死变云雾。“摩米”是老祖宗居住的地方，正常死亡的老人要隆重办丧，摩帕念《指路经》，要将死者灵魂送往“摩米”或“萨米”归宗。祖宗的灵魂被认为是永存的，居住的地方有三处：一在“摩米”或“萨米”；二是在红土与黄土之间（坟墓中）；三是在家中“泻阶”上。而那些死后未办丧指路者，魂游于山中，路旁、田边地角．无归处，给生者带来祸害。因而，对有儿女家庭的丧者、死后要办丧，指路归宗、后人方吉。
　　建国后，随着科学文化的发展，上述各类宗教崇拜活动逐渐趋于消亡。
　　二、基督教
　　民国8年(1920年），外国牧师进入漠沙等地传播基督教后，不过几年，他们便进入建兴、平掌等哈尼族中进行传教。民国19年(1932年)，德国韦牧师到了平掌柏权老白寨。他以为当地哈尼族群众医治疾病为名，宣传基督教思想，获得群众信任。民国23年（1934年），韦牧师走后，德国的司牧师到了那里，开始正式建立基督教堂，办教会小学。教会小学的学生约有七八十人。牧师一边教学生识字，一边传授基督教。有一大批当地哈尼族群众陆续入教。民国28年（1939年），因传教士内部出现意见分歧，学校停办。同年，美国的贝克牧师和德国的徐牧师到了那里，重新恢复教会学校，并把老柏寨教堂分为神召会教堂和内地会教堂，聘当地教徒倪春富和缪应祥负责神召会，白宗有负责内地会。内地会教堂设于老柏寨，神召会教堂设于柏枝树。两会教徒约七八十人。此后，贝克牧师又到了平掌曼干，设立了一神召会教堂，发展了七八十名哈尼族教徒，并聘教徒李忠负责管理曼干教堂。1949年，外国牧师回国，教会活动陆续停止。1950年，县委工作队进驻老柏寨，宿于神召会教堂内，因不甚失火，教堂被焚。内地会教堂也因多年失修而倒塌。
　　 中共十一届三中全会后，宗教信仰自由的政策得到落实。平掌柏枝、曼干等地的部分哈尼族恢复了信教活动，且新入教人员逐年增多。1986年，平掌柏枝等地教徒自筹资金建盖房屋、建立老柏寨活动点。1990年政府补助1500元，建盖了曼干活动点的房屋。同年，全县有哈尼族基督教徒200多人。
　　三、摩帕
　　哈尼族中，摩帕是社会上的三种能人之一。“摩”指老者，“帕”为能言善道，知礼仪，摩帕意为能言善道，知礼仪的老人。摩帕通晓哈尼族历史，常以为他人解除生老病痛为自身的责任。大凡重要的祭祀、丧葬等活动均由摩帕主持。
　　摩帕还以其职能的不同分帕莫、帕约、帕协三种。帕莫可以主持大的祭祀、丧葬活动、能吟唱《摩米》、《萨米》等指路经。祭场上身披长裳手持“萨米”长刀，他既是各种祭祀活动的组织者，也是导演者；帕约可以主持一般的丧葬活动，杀牛献寨神等；帕协能测吉凶日，看卦占卜，常协助帕莫主持祭礼活动。有的帕协还懂草药，给病者治病，驱邪恶。据说帕莫有一个指导他活动的叫“帕司”的神灵，能帮助他找到病者丢失的魂灵，传达祖先意愿，把生者的愿望传给死去的亲人。因而，在祭祀活动中，当“帕司”降临时，帕莫常以很神密的面目出现在众人面前。除帕莫外，帕约、帕协无“帕司”指导活动。
　　帕莫、帕约、帕协都不完全脱离生产劳动。受请时才去从事各自的活动。
　　除摩帕外，还有“尼莫玛”（师娘），以中年女性居多，能看卦、占卜、问病，能诅咒、做灵符驱赶